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连锁分析芯片是进行疾病连锁分析的最佳工具，可以从家系基因型表现型和单基因型连锁不平衡中发现连锁关系。人类连锁分析芯片实验表明其成功率为99.8%，重复性>99.9%。

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aCGH芯片在试管婴儿的胚胎植入前遗传筛选中已经得到广泛应用，能在36小时内有效筛查出10Mb以上畸变而不局限染色体非整倍体的检测。

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应用Rat Gene2.0芯片全转录组基因表达芯片，可对大鼠进行基因水平、外显子水平及可变剪切分析。

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ncRNA研究的重要一步是发现与特定疾病相关的lncRNA。传统的lncRNA筛选方法（SELEX等）效率低下，假阳性率高。而基因芯片具有覆盖全面、高效、准确的特点

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